Итак, при построении jdk 1.4.2 из портов необходимо иметь разрешение
эмуляции Linux в ядре и монтированную файловую систему linprocfs.
Для этого в файле /etc/rc.conf необходимо указать
    #  linux_enable="YES"

а в файле /etc/fstab
    #  linprocfs  /compat/linux/proc linprocfs rw 0 0

По завершении установки необходимо установить переменную окружения 
JAVA_HOME, которая указывает на каталог с установленным jdk
Соответственно, в файле .cshrc необходимо добавить
    #  setenv JAVA_HOME /usr/local/jdk1.4.2

а в файле .profile
    #  export JAVA_HOME=/usr/local/jdk1.4.2

Установка Tomcat 5.0 из портов проблем не вызвала, но запуск программы
постоянно срывался. Изучение логов показало, что Tomcat пытался 
работать с протоколом IPv6, который не был установлен в моей системе. 

В соответствии с рекомендацией, данной в логах, делаем запрет на IPv6
    #  sysctl net.inet6.ip6.v6only=0

теперь все работает.

Как вариант, можно внести соответствующие изменения в catalina.sh
и сделать запуск java с ключем -Djava.net.preferIPv4Stack=true,
но через sysctl мне показалось проще.