Для обновления в пределах одной подверсии (например, с 4.0 до 4.6 или с 5.0 до
5.1) достаточно выполнить

   yum update

Для обновления "major" релизов CentOS  лучше воспользоваться пунктом Upgrade в инсталляторе.


Для обновления версий Fedora:
   yum update
   yum clean all

   rpm -Uhv \
     http://download.fedora.redhat.com/pub/fedora/linux/releases/8/Fedora/i386/os/Packages/fedora-release-8-3.noarch.rpm\
      http://download.fedora.redhat.com/pub/fedora/linux/releases/8/Fedora/i386/os/Packages/fedora-release-notes-8.0.0-3.noarch.rpm

   yum update
   Читаем про особенности обновления между релизами http://fedoraproject.org/wiki/YumUpgradeFaq