>> portinstall apache или apt-get install apache. В чём ваша роль в первом
>> случае, то  что вы гордо называете "собери всё сам"?
> текущие версии библиотек в портах,

текущие версии библиотек в репозитарии

> флаги gcc, опции, вкл/выкл при сборке.

вы на каждое прилижение меняете флаги компилятора? o_O

если вы об опциях сборки в портах, то проставить галочки не сложнее чем отвечать y/n apt-get. или втыкается немного текста в make.conf.

Для сравнения:
http://www.job-blog.bullgare.ru/2010/01/%D1%83.../

Очень, очень технологично и автоматично. особенно доставляет
./configure --enable-fastcgi --with-fpm --with-mcrypt --with-zlib --enable-mbstring --with-mysql --with-mysql-sock --with-mysqli=shared,/usr/bin/mysql_config --with-gd --with-jpeg-dir=/usr/lib --enable-gd-native-ttf --without-sqlite --disable-pdo --disable-reflection --disable-embedded-mysqli

Если не ошибаюсь, php-fpm на тот момент в портах не было. Посему порт был написан свой, и раздача на типовые серваки шла - только в путь.

> Как пример поломанного: nginx в портах до версии 0.9.0 имеет сломанный модуль ngx_eval.

на дворе 1.0.4. Сорри, 1.0.5.

В репозитариях естественно в принципе ничего битого никогда не было и быть не может. Само слово "бинарный" служит 500% защитой от ошибок.